Кобато — загадочная девочка, оказавшаяся в новом для себя мире, не помня о своём настоящем предназначении. Всё, что ей известно — для того чтобы исполнить свои сокровенные мечты, ей необходимо выполнять некие поручения. Полная надежд и юношеского энтузиазма, Кобато решает помогать окружающим, считая, что именно это приведёт её к желаемому. Она устраивается работать у священника Ханатакэ при храме и начинает активно участвовать в благотворительных мероприятиях, где оказывает поддержку людям, старательно воплощая их желания в жизнь. Несмотря на трудности, Кобато быстро учится и обретает уверенность в своих силах.
Однако, за бескорыстной помощью кроется цена: с каждым исполненным желанием Кобато теряет частичку своей жизненной энергии. Ханатакэ предупреждает её об опасности, но героине сложно отказаться от стремления помогать. В процессе работы она знакомится с разными людьми и сближается со своим наставником, постепенно постигая тайны собственной личности. К финалу Кобато начинает понимать истинное значение своих поступков и важность бережного отношения к себе. Она осознаёт, что ради исполнения желаний не стоит жертвовать собой и что счастье возможно найти, не причиняя вреда ни себе, ни окружающим.