Действие разворачивается в альтернативной Японии, где сёгунату Токугава удалось выстоять в гражданской войне и разгромить проимператорские войска. Армия под командованием Токугавы подавила сопротивление, а заодно отбилась и от вмешательства «западных варваров». На дворе — XXI век, однако страна живёт в духе жёсткой изоляции и национального превосходства, сохраняя строгие порядки. У подножия Фудзи расположена элитная академия, где готовят будущую опору государства: здесь учат одинаково уверенно владеть катаной и нагинатой, пользоваться мобильными телефонами и современной техникой вроде камер.
В этом месте особенно заметно смешение традиций и новых реалий: при академии существует собственная охрана, а сёгун Ёсихико Токугава держит ситуацию под личным контролем. Главная цель обучения — воспитать бойцов, поэтому воинские дисциплины стоят во главе угла. Шестнадцатилетний Мунэакира, воспитанник клана Ягю, поступает сюда, имея за плечами семейную школу меча и твёрдую уверенность в себе. Вскоре он знакомится с девушками из благородных домов — и именно эта встреча становится точкой, после которой его жизнь резко меняется, хотя сомневаться в собственных силах он не привык.