Харуаки Яти — самый обычный старшеклассник, привыкший оставаться на втором плане рядом с именем отца-исследователя, который вечно пропадает в экспедициях и почти не бывает дома. В один из дней парню сообщают, что отец отправил ему очередную посылку, и Харуаки идёт за ней на почту. Внутри оказывается странный куб, назначение которого непонятно, поэтому он начинает осторожно изучать находку. Постепенно выясняется, что вещица умеет менять форму и превращаться в разные предметы, а значит, может служить самым разным целям.
Но первое же неосторожное включение показывает обратную сторону артефакта: у куба есть опасные свойства, с которыми Харуаки не знает, как справиться. Вскоре он знакомится с Феар Кубрик — загадочной девушкой, связанной с организацией под названием «Кубическая фундация». Она раскрывает, что этот куб создан его отцом и является лишь одним из целой серии подобных объектов, оставленных в прошлом. Харуаки втягивается в расследование происхождения артефакта, однако быстро понимает: за кубом охотятся и другие силы, готовые пойти на всё, чтобы заполучить его.