Улисс: Жанна д'Арк и рыцарь-алхимик

События аниме «Улисс: Жанна д’Арк и рыцарь-алхимик» разворачиваются в бурной эпохе XV века, когда между Францией и Англией не утихает затяжная война. Главный герой — молодой дворянин Монморанси, решивший посвятить себя изучению магии и алхимии. Ради этого он поступает в особую академию, где готовят рыцарей и магов, осваивает запретные знания и мечтает изменить мир. Однако одна из битв оборачивается страшным поражением для французской армии: англичане одерживают верх, а школу, в которой учился Монморанси, распускают. Лишившись привычной опоры, он вынужден покинуть академию и отправиться в странствия, не зная, куда приведёт его дорога.

Понимая, что возврата к прежней жизни больше нет, юный алхимик скрывается от преследований и старается не попадаться на глаза врагам, ведь слухи о его причастности к колдовству делают его удобной мишенью. Скитаясь по стране, он случайно знакомится с простой деревенской девушкой по имени Жанна. До этой встречи Монморанси избегал людей и держался в стороне, опасаясь обвинений и доносов, но Жанна меняет его взгляд на мир. Постепенно он решает остаться рядом с ней и защитить её во что бы то ни стало. Впереди их ждут смертельные опасности, тяжёлые испытания и столкновение с собственными страхами, а их судьба остаётся полной загадок.