Молодой Дзиро оказался втянут в коварную игру интриг и предательства, когда однажды вернулся домой и обнаружил, что его мать и сестра стали жертвами жестокого преступления. Ложно обвинённый в этом злодеянии, он вынужден был покинуть родную деревню и уйти в неизвестность. Блуждая по тёмным тропам, Дзиро встречает загадочного священника Тэнкая, который возлагает на юношу необычную задачу — уничтожить ниндзя-разбойника Тарузу. Видя в Дзиро орудие возмездия, Тэнкай доверяет ему священную миссию, давая шанс искупить свою вину перед миром.
После решающей схватки и гибели Тарузы Дзиро посвящает себя безжалостному обучению искусству ассасинов. Годы тренировок закаляют тело и дух, но настоящая тайна его происхождения остаётся скрытой. Вскоре герой узнаёт, что поверженный ниндзя на самом деле был его отцом, когда-то служившим Тэнкаю, пока не предал клятву ради любви к женщине-айну. Тем временем за кулисами власти сегунат готовит зловещий план: отыскать сокровище капитана Кидда и использовать его, чтобы вновь запереть Японию в изоляции, преградив путь во внешний мир.